A viragem do século trouxe desafios, mudanças e novos pilotos a Portalegre. Por esta altura, a Baja continuava a não ser pontuável para o Campeonato Nacional de Todo-o-Terreno, em Autos, realidade que só foi alterada em 2002, recebendo o estatuto de "prova joker".
Em 2001, a orientação do percurso foi alterada para um sistema de 3 setores seletivos, com o primeiro disputado após a realização do prólogo.
Nos Autos, além das três impressionantes vitórias de Miguel Barbosa, a presença de Colin McRae no lugar mais alto do pódio, em 2004, foi um momento igualmente inesquecível na história da prova. Ao saltarmos para as suas rodas, António Maio começou a sua busca pelo recorde, enquanto Mário Patrão fez um impressionante hat-trick. A primeira prova de Quads estreou-se em 2000, com Paulo Barbosa a levar o ouro para casa; oito anos depois, os UTVs chegaram a Portalegre com António Val a conquistar o primeiro lugar.